2001年開始，教育部實施“對口支援西部地區高等學校計劃”。2010年以來，教育部進一步推動高校團隊式對口支援工作。按照教育部安排部署，中國農業大學現作為組長單位，與浙江大學，華中農業大學、北京化工大學和東華大學共同組成對口支援塔里木大學高校團隊，并與河海大學對口支援西藏農牧學院。2022年11月，學校與甘肅農業大學、西昌學院明確對口支援關系。
2018年，教育部啟動部省合建工作。按照教育部安排，學校開始與河北大學、石河子大學、貴州大學、海南大學4所部省合建高校確立對口合作關系。
多年來，學校秉持高度的政治責任感，貫徹落實中央援疆援藏工作精神和推動中西部高等教育高質量發展的重要戰略舉措，以人才幫扶為突破口，推動學科精準對接，大力提升受援高校、合建高校的人才培養、師資隊伍、科研服務和管理工作水平，廣泛開展交流與合作，積極推動共建、共享、共贏，有效助力受援高校、合建高校綜合實力以及服務區域經濟社會發展能力提升。
